La data di fondazione è ancora oggetto di discussione. L'opinione seguita maggiormente dagli studiosi è che il monastero sia stato fondato nel 1087 da una comunità di Benedettini con a capo Sigismondo, e che successivamente, nel 1141, sia stata concessa da Goffredo di Loritello, conte di Catanzaro e cugino del re Ruggero II di Sicilia, ai Cistercensi i quali la ricostruirono stabilendovi il primo nucleo dell'Ordine nel Regno Normanno. Lo studioso Pietro de Leo ha infatti dimostrato che l'abbazia è figlia dell'Abbazia di Clairvaux, l'abbazia cistercense fondata nel 1115 da san Bernardo di Chiaravalle. È del 1141 la prima datazione certa all'abbazia. L'importanza della Sambucina è legata all'autorizzazione papale a fondare ovunque case filiali, la Sambucina fu pertanto madre di numerose altre abbazie prevalentemente in tutto il sud Italia. Verso il 1160 ottenne di entrare nell'abbazia il profeta della Terza età Gioacchino da Fiore, in seguito abate all'Abbazia di Santa Maria di Corazzo. In questo periodo ospita anche il "magister sententiarum" Pietro Lombardo ed il famoso glossatore della scuola bolognese Francesco Accursio. Con il passare degli anni nella badia si realizzarono numerose attività, come la lavorazione della seta, della lana, della terracotta e del vetro e venne realizzata una scuola calligrafica che si specializzò nell'importante attività di copiatura dei codici. Il terremoto del 1220 distrusse la badia ed i monaci furono costretti ad allontanarsi, trasferendosi presso l'abbazia di S. Maria della Matina a S. Marco Argentano, per ritornarvi poi nel 1475. Purtroppo gli eventi naturali ostacolarono lo sviluppo dell'abbazia, infatti, nel 1561 si verificò una frana distrusse parte della chiesa. Una epigrafe posta sul portale della chiesa riferisce di lavori di restauro eseguiti nel 1625. Nel corso del XVII secolo, tuttavia, in Calabria si verificarono dei disastrosi terremoti che interessarono anche la Sambucina. Un primo disastroso terremoto si verificò nel 1731 e provocò danni riparati in parte nel 1733; danni maggiori si verificarono col terremoto del 1783. L'iniziale ricostruzione venne interrotta dopo la soppressione dell'ordine Cistercense decretata dal governo di Giuseppe Bonaparte (13-2-1807): la parte conventuale, messa in vendita dal demanio, venne acquistata da privati, mentre la chiesa divenne sede parrocchiale. La chiesa si presenta con una storia complessa che si riflette anche sulla sua architettura, frutto di ripetuti interventi. La pianta attuale è il risultato dei restauri seicenteschi dopo il terremoto del 1569 che aveva provocato il crollo delle navate e del transetto destro. La chiesa fu così ridotta alla parte absidale, alla porzione di transetto rimasta e alla prima campata del corpo centrale dove si arretrò il portale. Grazie anche a scavi che hanno portato alla luce alcune tracce di fondazioni della chiesa primitiva si è potuto risalire alla pianta originale della Sambucina: era a croce latina, con abside rettangolare, ancora esistente, a tre navate e cinque campate. La copertura originaria non trova d'accordo gli studiosi c'è chi sostiene che le navate erano a botte acuta e all'incrocio del transetto c'era una torre; altri invece avevano ipotizzato che gli stessi elementi avevano una copertura piana. Interessanti sono le osservazioni fatte sulla pianta nella quale si riscontrano diverse discordanze: in corrispondenza dell'angolo esterno destro dell'abside c'è uno sperone murario anomalo; nel braccio sinistro del transetto il muro di fondo non è parallelo alla parete absidale; le proporzioni tra larghezza delle navate e lunghezza della chiesa e l'abside non allineata ai pilastri del corpo centrale. Infine un ultimo riferimento agli affreschi. Quello della Madonna con il Bambino risale ai primi anni del Cinquecento, mentre la parete destra della navata mostra una tela dell'Annunciazione della Vergine con angeli e i dodici apostoli collocabile a cavallo tra il cinquecento ed il seicento.