Fu costruita da Giovanni Ambrogio Pavese (20/07/1558-21/01/1631) e il più antico documento che la menziona è la minuta di un atto di donazione, datato 12 agosto 1596, in cui egli dona alla Chiesa il luogo sacro da lui costruito, un bosco e altre terre. Era un frate cappuccino, membro di una ricca e numerosa famiglia savonese; il padre Battista era Consigliere di Stato alla Corte del Duca Emanuele Filiberto di Savoia. Cagionevole di salute, fu costretto ad abbandonare il convento di San Barnaba a Genova e a ritirarsi in un suo podere di Savona, oltre gli allora orti Folconi, sulle pendici del Monte Ornato. Vi costruì, sul finire del XVI secolo, una piccola cappella alloggiando in alcune cellette limitrofe, per condurre una vita eremitica, ma ben presto, a causa dei rigidi inverni, abbandonò il suo eremo per trasferirsi a Torino. Nel 1623 il Pavese cedette alla Repubblica di Genova tutti i diritti riguardanti la chiesa da lui costruita, mantenendo l’ordine da parte della Serenissima di farvi celebrare mensilmente la Santa Messa; nello stesso anno un padre scolopio, rubò la campana della Madonna degli Angeli e questo fu solo l’inizio delle tante disavventure che si susseguirono nei secoli. Nel 1630, preso dalla nostalgia del primiero romitorio, volse i suoi passi verso Savona. Era un’epoca martoriata dalla peste e lungo il viaggio di ritorno la malattia lo colse. Morì ad Altare il 21 gennaio 1631, all’età di settantatré anni. Nel 1650 la chiesetta fu interdetta “per essere stata fatta ricetto di pecore e d’altro bestiame”e si narra del ritrovamento nel 1653 del cadavere di un militare suicida. Nel 1654 il Vescovo, Francesco Maria Spinola, si recò in visita alla Chiesa, la benedisse e diede licenza di riprendere le celebrazioni. Arrivarono gli anni della guerra di successione austriaca (1741-1748) e la città fu invasa dall’esercito sabaudo (1746-1749), poi fu bombardata dalla flotta inglese (17 luglio 1749) fino a quando dopo la Pace di Aquisgrana nel 1748, la Repubblica di Genova rientrò in possesso dei suoi territori tra cui Savona. Probabilmente la Chiesa fu occupata, dalla truppa nemica, subendo notevoli danni, per questo Padre Giuseppe Maria Montaldi chiese il permesso di ripararla. Non si era spenta, nonostante le travagliate vicende, la devozione dei savonesi per quel luogo, infatti, supplicarono papa Pio VII, prigioniero a Savona, dal 1809 al 1812 e poi per un solo mese nel 1814, di concedere l’indulgenza plenaria per il giorno della festa dedicata alla Beate Marie Angelorum, il due agosto. Questo, fu l’ultimo atto della storia della chiesa seicentesca, infatti, cosa sia accaduto nei cent’anni seguenti è tuttora un mistero, ma ciò che accadde ridusse la chiesa a un ammasso di rovine. Quando tutto sembrava ormai perduto per sempre, nel 1929 si levò l’appello del prof. F. Noberasco per la ricostruzione della Madonna degli Angeli. Rispose con grande cuore e determinazione Mons. Tomaso Fonticelli, parroco della chiesa di San Francesco da Paola e la chiesa nell’agosto del 1930 fu completamente ricostruita, seppur in dimensioni ridotte, con una spesa di lire 35.974,20 interamente coperta dai fedeli. Nel corso degli anni seguenti si sono succeduti furti e devastazioni e solo nel 1982 l’impresario Cav. Gerolamo Delfino s’impegnò a ridare decoro a quel luogo sacro, restaurando l’edificio con l’aiuto di molti parrocchiani. Sono trascorsi trent’anni e il nostro luogo del cuore ha bisogno di aiuto, concreto e rapido, prima che il tempo, ancora una volta, cerchi di portarsi via un “pezzo della nostra storia”. Oggi, notizia aggiornata al 2018, la chiesa è inagibile. L'Associazione che aveva raccolto i voti al censimento 2014 continua ad agire in favore della Madonna degli Angeli e del suo territorio, affinché le generazioni future possano continuare a viverlo.