Fondata nel 1523, la chiesa ospitò a partire dal 1572 la Confraternita della Penitenza o di San Bernardino e pertanto la sua vicenda è intrecciata da quel momento con quella dell’istituzione laica che l’ha animata per i secoli successivi fino alla soppressione in epoca napoleonica. Si devono infatti alla Confraternita il coro, la cantoria, l’organo, il sepolcro dei Confratelli, l’ossario e la Cappella di San Coronato, tutte realizzazioni dei secoli XVII e XVIII.