Contigua al complesso monastico si trova la chiesa di San Francesco d’Assisi, meglio conosciuta come chiesa dell’Immacolata, ma prima dell’arrivo dei Frati di S. Michele. Edificata nel 1236 da uno dei più devoti seguaci di San Francesco, il Beato Riccardo, fu gravemente danneggiata dal terremoto del 1693, in seguito al quale fu interamente riconfigurata in stile barocco. Tuttavia si possono ravvisare elementi della struttura originaria in stile gotico. Non si conosce il nome di chi progettò per primo la nuova facciata subito dopo il sisma, tuttavia già nel 1727 venne incaricato l’architetto catanese Tommaso Amato di completarla “di tutto punto”, compresi i quattro “tabelloni” con simboli mariani e la nicchia per la statua dell’Immacolata scolpita dal palermitano Giovanni Travaglia nel 1627 e posta originariamente su un piedistallo davanti la chiesa. Nel 1807, venne realizzata nella facciata la piccola abside con cupolino.