La chiesa di San Michele è citata già dal Bussero nel 1300. Fu la prima chiesa di Venegono Inferiore e sin dalle sue origini svolgeva la funzione di chiesa parrocchiale. Sembra che attorno alla chiesa si trovassero il lazzaretto e il cimitero degli appestati. Nel 1606 Federico Borromeo minaccia di farla demolire per utilizzarne il materiale nella costruzione della nuova parrocchiale. L’ordine viene revocato nel 1640. Alla fine del 1700 attorno alla chiesa di san Michele viene realizzato il nuovo cimitero. La chiesa stessa viene modificata aprendo un nuovo ingresso al posto della vecchia abside e realizzando una nuova abside al posto della vecchia entrata. Alcuni degli affreschi più antichi presenti nell’edificio sono databili attorno al 1400-1500. Un affresco del 1530 orna la volta del portico. Un altro affresco del 1607 si trova sulla controfacciata. Di un certo interesse è il polittico di scuola luinesca e la tela della Madonna delle Grazie nell’abside.