Nell’Alto Tavoliere, la città romana di Civitate segnava l’ingresso nella Puglia. Poco lontano, fu costruita la cittadina di San Paolo di Civitate: tra le sue chiese, assai cara ai suoi abitanti è quella di San Nicola, riconoscibile per la sua cupola in maiolica colorata.

Trovandosi all’estremità settentrionale della Puglia, Civitate ebbe una storia tormentata: in epoca romana si chiamava Teanum Apulum; nel 207 a.C. vi furono radunati i 6000 uomini e i 1000 cavalieri che sconfissero Asdrubale nella celebre battaglia del Metauro, durante la II guerra Punica. Civitate le dominazioni bizantine, longobarde e normanne e, nell'XI secolo, divenne sede vescovile. Sotto le sue mura, nel 1053, Papa Leone IX fu sconfitto dai Normanni. A metà del Cinquecento, gli abitanti l’abbandonarono per costruire uno nuovo insediamento sui vicini colli Liburni, chiamato San Paolo di Civitate.

La chiesa, dedicata a San Nicola Vescovo, fu fondata agli inizi del Seicento. Fu il primo edificio di culto costruito all'interno delle mura. A seguito del terribile terremoto del 1627 la chiesa fu quasi completamente rasa al suolo. Restaurata nel corso del Seicento, nel 1780 divenne sede della Confraternita del Rosario.

A inizio Ottocento, con l'aumento della popolazione si avvertì la necessità di ampliare il corpo di fabbrica che, per voto di guarigione del priore, fu interamente ricostruito nelle fattezze attuali tra il 1801 e il 1804. L'impianto ad aula unica, di forma ellittica con volta a catino, gli stucchi ornamentali interni e la facciata a doppio ordine con timpano sovrastante, risentono ancora degli ultimi echi del tardo barocco pugliese.