La data di fondazione del monastero di Santa Maria Assunta dei padri celestini di Magenta, non è riportata in alcun documento archivistico. La fondazione risalirebbe però al XIV sec. e due sono le notizie che lo fanno supporre: nel 1398 il monastero è riportato tra le domus della pieve di Corbetta come Ecclesia Sanctae Mariae Celestinorum de Mazenta e, sempre nel 1398, la chiesetta di S.Maria dei Celestini viene stimata in lire 20 e soldi 17. La costruzione del campanile, caratterizzato da una meridiana, risalirebbe invece alla fine del XV secolo La volta dell'unica navata, crollata in parte nel 1937, è stata rifatta negli anni 1938 - 1939; la facciata è del 1938.
La chiesa, di origine romanica, presenta degli interni barocchi. La chiesa è famosa soprattutto per due tavole di Ambrogio da Fossano, detto il Bergognone, datate 1501 e conservate nella terza cappella a sinistra, entrando. Le tavole, raffiguranti Cristo alla colonna e il Cristo deriso, sono inserite in un polittico cinquecentesco riferibile a Bernardo Zenale, nella cappella dedicata a San Giuseppe. Fino a qualche anno fa queste tavole erano ritenute opere della scuola di Bernardino Luini, ma recenti studi ne hanno smentito la paternità assegnandola ad un Bergognone della piena maturità, accogliendo le ispirazioni leonardesche e bramantesche. Curiosamente l'artista ha lasciato sulla prima tavola un'impronta digitale che si nota vicino alla porta d'accesso interna al portico dello sfondo del Cristo Flagellato. Al centro del polittico si trova un dipinto a tempera raffigurante la Natività con un san Giuseppe insolitamente giovane. La lunetta raffigura il Padre Eterno che regge nella mano sinistra le sorti del Creato. Ai lati, i profeti Davide (riconoscibile dalla corona) e Isaia scolpiti in altorilievo così come sulla trabeazione l'Annunciazione. Nel timpano, in alto, un gruppo di angeli con il cartiglio del "Gloria a Dio nell'alto dei cieli". La predella contiene tre tavole raffiguranti L'adorazione dei Magi, La presentazione di Gesù al Tempio e La fuga in Egitto. I pannelli laterali del Bergognone sono stati collocati nell'ancona in un momento successivo, probabilmente nell'Ottocento, in sostituzione di parti del polittico dello Zenale.
La tastiera campanaria posta alla sommità del campanile del santuario dopo la nevicata del 2012
Il restauro delle tavole del Bergognone è stato reso possibile grazie al contributo del Rotary club Magenta ed è stato eseguito dal restauratore, prof. Carmelo Lo Sardo.
La chiesa possiede un concerto di 5 campane in Fa3 Maggiore, fuso nel 1951 da Carlo Ottolina di Seregno. Le campane suonano a sistema ambrosiano e sono dotate della tastiera, per il suono a festa manuale delle campane.