Nel luogo del convento di San Francesco si trovava, in età longobarda, una chiesa dedicata a San Costanzo. Fondata probabilmente intorno all'anno 950, fu una delle tappe, secondo la tradizione, del viaggio di San Francesco d'Assisi, avvenuto in tempi successivi all'approvazione della Regola (1210). Di passaggio a Benevento in un periodo di forte siccità, il santo avrebbe pregato e ottenuto la grazia della pioggia. A seguito del miracolo gli sarebbe stato donato l'edificio sacro. Proprio a questo fatto si deve forse la nascita della comunità dei frati Minori Conventuali di Benevento.