Gli affreschi della cripta di S.Francesco furono commissionati tra il 1370 e il 1373 ad artisti di scuola giottesca da Margherita D'Angiò e da sua figlia Antonia Del Balzo, futura regina di Sicilia (entrambe ritratte tra i personaggi affrescati). La cappella è molto interessante sia per gli aspetti artistici, che testimoniano i molteplici influssi di scuola fiorentina, senese, pisana, romana, oltremontana e irlandese sulla pittura napoletana, sia per le vicende storiche legate alla cripta, dal momento della fondazione alla riscoperta, avvenuta ai primi del '900, grazie allo storico Michele Janora e all'intervento della Contessa Margherita Nugent.