Sorto intorno alla metà del Duecento ai margini di quello che rappresentava allora il centro abitato di Vimercate, il convento di S. Francesco è tra le più antiche fondazioni minoritiche in area milanese. Affermatosi nel Trecento come importantissima e vitale istituzione religiosa, la struttura subì molteplici rimaneggiamenti tra il XV ed il XIX secolo. Dopo diversi interventi e aggiunte architettoniche, nel 1798 il convento, soppresso dalla Repubblica Cisalpina istituita da Napoleone, fu messo all'asta e acquistato dalla famiglia Banfi che lo destinò all'uso abitativo, funzione che persiste fino ai gironi nostri. In zone diverse dell'ex convento sopravvivono alcuni affreschi frammentari che consentono di individuare due successive campagne decorative all'interno della chiesa durante la prima metà del Trecento, testimoniando il prestigio conseguito dal monastero in quel periodo. Il frammento più integro, raffigurante la Madonna della Misericordia.