La Farmacia fu progettata sul finire dell'Ottocento dall'architetto Francesco Azzurri, lo stesso autore della cittadella manicomiale e del Padiglione Conolly. L'edificio, inaugurato nel 1886, venne costruito in prossimità dell'ingresso per consentirne la fruizione anche da parte dei familiari dei dipendenti del manicomio. Era dotata di un Gabinetto Chimico e di tutto il corredo scientifico, arredi e vasellame ed una propria biblioteca. La Farmacia conserva ancora oggi una bella collezione di vasi in ceramica e vetri, unica nella suo genere per completezza e ottimo stato di conservazione: vasi da farmacia tipici della fine del XVIII secolo, con buona probabilità di manifattura Ginori di Doccia.