Situata ai piedi di Minervino Murge, in una vallata che si trova al termine di quel canale naturale, un tempo fiumiciattolo, denominato "Matitani", la grotta di San Michele è una cavita carsica la cui formazione risale al Quaternario (2 milioni d'anni fa), periodo in cui quest'area, sino ad allora sommersa, comincia ad innalzarsi sul livello del mare. Le prime testimonianze scritte, riferentesi a questa grotta, sono reperibili in una pergamena conservata nell'Abbazia di Montecassino, e datata 12 febbraio dell'anno 1000. La grotta doveva, però, essere conosciuta e frequentata già in passato e presumibilmente in età paleocristiana. Antico luogo di culto micaelico, la Grotta ha un interesse storico, artistico e speleologico.