Questo è il più antico museo civico milanese oltre che uno dei più importanti musei naturalistici italiani. La sua storia inizia nel 1838, anno in cui riceve le prime donazioni delle collezioni del botanico Giorgio Jan e del naturalista milanese Giuseppe De Cristoforis, e fino ai primi del '900 fu il solo punto di riferimento in città per studiosi e appassionati di scienze naturali. Nel 1844 viene aperto al pubblico nella sede dell'ex Convento di S. Maria, in via Circo e nel 1863 fu trasferito nelle sale di palazzo Dugnani. Solo tra la fine del 1800 e l'inizio del 1900 viene trasferito nella sua sede attuale all'interno dei Giardini Pubblici di Porta Venezia, l'edificio fu uno dei primi costruiti nel Parco. Gli allestimenti del Museo, che si snoda per circa 5.500 metri quadrati, riguardano la biodiversità, la mineralogia, la paleontologia, la zoologia, gli habitat dei vari ecosistemi e la storia naturale dell'uomo.