Ottavio Farnese, duca di Parma, ordinò la costruzione del grandioso palazzo nel 1561, che divenne poi sede della corte ducale fino alla seconda metà del Seicento.La sua costruzione si rese necessaria per dotare il ducato di Parma e Piacenza di una dimora stabile per la corte. Venne scelta un'area nei pressi di una torretta ideata dagli Sforza e il progetto fu affidato a Jacopo Barozzi detto il Vignola.La tipologia richiamava quella delle dimore romane che gli stessi Farnese stavano edificando in quegli anni (tra cui il Palazzo Farnese di Roma e quello di Caprarola). Davanti al palazzo fu costruita da Giovanni Boscoli una maestosa fontana. La decorazione delle sale fu affidata a vari artisti di spicco dell'epoca, tra cui Girolamo Mirola, Jacopo Zanguidi detto il Bertoja, Agostino Carracci, Carlo Cignani, Jan Soens, Cesare Baglioni, Giovanni Battista Trotti detto il Malosso e Luca Reti. Già all'inizio del Seicento fu modificato e ampliato, da Simone Moschino e poi da Girolamo Rainaldi.