Sorge sulla stretta Penisola di San Raineri dalla caratteristica forma a falce che chiude il porto naturale di Messina, proteggendolo verso il mare aperto. La fortezza non fu realizzata tuttavia solo per motivi difensivi. Infatti fu costruita dagli spagnoli dal 1680 al 1686, dopo la sanguinosa rivolta del 1674. Pertanto la cittadella doveva controllare la città con le proprie artiglierie ed alloggiare una forte guarnigione in una posizione facilmente difendibile. Il progetto fu affidato all'ingegnere regio Carlos de Grunenbergh, esperto di fortificazioni, che lavorò in Sicilia per circa un ventennio verso la fine del XVII secolo. La fortezza, che interrompeva completamente la piccola penisola, si affacciava sia verso il mare aperto che verso il porto ed era inoltre isolata con un fossato verso l'entroterra, mentre la punta della penisola era presidiata dal cinquecentesco Forte del Santissimo Salvatore. La fortezza fu coinvolta in episodi bellici ed attacchi durante i secoli successivi, ma non fu mai espugnata, arrendendosi solo dopo lunghi assedi per mancanza di rifornimenti, come infatti avvenne anche durante la spedizione dei Mille del 1860, quando le truppe borboniche della cittadella si arresero solo il 12 marzo 1861 alle truppe dell'esercito piemontese del genergie Cialdini. A partire dall'unificazione è stata pesantemente danneggiata da lavori portuali ed alcune cortine e bastioni sul lato interno sono stati demoliti. La porta monumentale detta Porta Grazia, dall'esuberante decorazione lapidea opera di Domenico Biondo, fu smontata nel 1961 e rimontata in Piazza Casa Pia dei Poveri. Oggi la fortezza versa in stato di abbandono; sopravvivono, in parte interrati, due bastioni ed alcune altre opere.