L'Osservatorio Vesuviano fu fondato nel 1841 dal Ferdinando II di Borbone, Re del Regno delle Due Sicilie. È il più antico osservatorio vulcanologico del mondo.
La direzione fu affidata, il 10 luglio 1839, ad un illustre fisico del tempo, Macedonia Melloni, che aveva a lungo soggiornato a Londra e Parigi collaborando con eminenti scienziati. Inizialmente Melloni chiese che l'Osservatorio venisse costruito alla Riviera di Chiaia (Napoli) perché "le lave, essendo calamitate, perturbavano gli apparecchi magnetici", ma le sue richieste non vennero esaudite. Ottenne comunque delle sovvenzioni per acquistare strumenti meteorologici e fisici.
L'Osservatorio venne inaugurato nel 1845, a costruzione non ultimata, in occasione del Vii Congresso degli Scienziati Italiani. Durante il congresso Melloni presentò un lavoro di vulcanologia, in cui sosteneva che i vulcani a doppio recinto, come il Somma-Vesuvio, hanno un serbatoio magmatico profondo.
Entra in funzione il 16 marzo 1848, due mesi prima dei moti liberali. Melloni, simpatizzante delle idee liberali, fu destituito il 6 novembre 1849.
L'8 dicembre 1855 viene nominato Direttore dell'Osservatorio Luigi Palmieri, laureato nel 1825 in Scienze Fisiche e Matematiche e in Filosofia. Nel 1860 gli fu assegnata la cattedra di Fisica Terrestre e Meteorologia. Egli inventò un elettrometro (per il quale fu premiato dall'Accademia delle Scienze di Lisbona), e, nel 1856, un famoso e sofisticato sismografo che mise in funzione sul Vesuvio per registrare i terremoti precursori dell'eruzione. Tale sismografo fu acquistato, a quei tempi, dal Governo del Giappone.
Palmieri fu il primo studioso a dimostrare che il sollevamento del suolo è un fenomeno precursore delle eruzioni e a misurare l'entità. Molto importanti furono i suoi studi sulle eruzioni del 1848, 1861, 1868 e 1872, le cui descrizioni sono riportate negli "Annali dell'Osservatorio Vesuviano", rivista da lui fondata e che pubblicò dal 1859 al 1873.
Dopo la forte eruzione del Vesuvio del 1872, fece installare presso l'Osservatorio una stazione telegrafica per la trasmissione alle autorità di Napoli dei dati relativi all'attività vulcanica. Dai suoi studi e dalle sue osservazioni nacque la sorveglianza strumentale dei vulcani attivi, realizzata e applicata, per la prima volta a livello mondiale, al Vesuvio.
1911: dopo Palmieri, Semmola, e Matteucci, fu nominato direttore Giuseppe Mercalli, fino al 1914. Tra i suoi meriti, ricordiamo la scala empirica dell'intensità dei terremoti basata sugli effetti prodotti e la sua classificazione delle eruzioni vulcaniche.
Tra i successori di Mercalli, ricordiamo Alessandro Malladra, che fu anche per molti anni segretario del Comitato Vulcanologico Internazionale, ed il fisico Giuseppe Imbò, che potenziò la struttura con nuove apparecchiature geofisiche e predisse l'eruzione del 1944.
Dal 2001 è la Sezione di Napoli dell'istituto Nazionale di Geofisica e Vulcanologia (INVG). Opera azione di monitoraggio sui vulcani campani (Vesuvio, Campi Flegrei, Ischia).