Il santuario Madonna della Villa di Sant'Egidio fu costruito alla fine del Trecento per proteggere un'edicola contenente l'immagine di una "Madonna col Bambino" del XIV secolo. E' un santuario processionale con due porte d'accesso poste sui lati corti ed è situato sulla via Francigena che conduce ai santuari di Assisi e di Loreto. Nel piccolo santuario a pianta rettangolare furono dipinti i primi affreschi ex voto, che ripetevano l'immagine della Vergine circondata da santi. Si contano più di settanta affreschi eseguiti da pittori diversi, che vanno dalla metà del Trecento fino agli anni settanta del Quattrocento, in una pittoresca confusione che accresce l'aspetto festoso dell'edificio. Immagini mariane furono dipinte anche sulle pareti esterne dell'edificio. Di tali immagini se ne conserva una sola, una "Madonna della Misericordia", nella quale è stata riconosciuta la maniera dei fratelli Lorenzo e Jacopo Salimbeni da San Severino Marche, protagonisti della cultura tardogotica.