La costruzione di Villa Banfi inizia il 3 aprile 1685 per volere del conte Fornari, probabilmente come luogo di villeggiatura agreste, secondo un costume assai diffuso fra il patriziato milanese. La data di fondazione è testimoniata dalla Villa stessa, la quale presenta alla base di un pilastro del portico di ingresso l'incisione di tale giorno. Il primo documento ufficiale che censisce la Villa è però rappresentato dal Catasto Teresiano (1721), che riporta la conformazione originaria del fabbricato: la pianta della Villa risulta essere a "U" coi bracci evidentemente più corti rispetto a quelli che oggi cingono la corte centrale (la conformazione odierna sarà attestata con il Catasto Lombardo-Veneto del 1856-1873) e non vi è alcuna traccia del parco. Il 17 giugno 1732 viene invece fondata la cappella padronale di San Probo, voluta dall'allora proprietario Don Lorenzo Fornari, in cui giace il corpo del santo, riconosciuto come autentico dalla curia il 1° luglio 1734. La Villa passa dalla proprietà dei Fornari a quella dei Prinetti nella metà del XIX secolo, in particolare è Lorenzo Prinetti (1846-1908), sindaco di Bernareggio per ben 36 anni, che ne diventa proprietario. Fra il 1886 e il 1887 viene costruito un edificio affianco al corpo residenziale di Villa Banfi, che crea una seconda corte su via G. Marconi e che viene destinato probabilmente a funzioni agricole. Con la visione della carte IGM 1888 si può notare, per la prima volta, la comparsa del grande parco della Villa e la presenza al suo interno della cosiddetta "torretta". Il 12 febbraio 1894 l'edificio passa in eredità ai figli di Lorenzo e da questi viene alienato in favore della famiglia Banfi, i quali adattano l'edificio realizzato poc'anzi all'allevamento dei bachi da seta. A tal proposito si ricorda che l'attività principale dei Banfi, che ha molto influito sullo sviluppo di Carnate, si tratta proprio della produzione di seta, con una vasta rete di allevamenti e manifatture in tutto il nord Italia, due delle quali (un filatoio e una filanda) costruite proprio in territorio comunale. nel 1912 i Banfi operano vari interventi sulla Villa, che riguardano sia un generale ammodernamento dell'esistente secondo i gusti dell'epoca, sia la costruzione di un nuovo fabbricato, adiacente a quello vecchio, in stile neorinascimentale. Tale corpo porta sul fronte prospiciente l'ingresso la data di costruzione e presenta un'eleganta rifinitura ad intonaco "a graffito". Durante il secondo conflitto bellico, non vi sono notizie riguardo danneggiamenti di Villa Banfi, ma essa è stata invece occupata con funzione di presidio sia dal Comando Tedesco 564 da settembre 1944 fino agli inizi del 1945, sia dai soldati americani a partire dal 29 aprile 1945. Il passaggio della Villa da bene privato a pubblico ha seguito un percorso impervio, che si conclude il 3 dicembre 1975, con l'aggiudicazione durante un'asta del fabbricato e del suo parco al Comune di Carnate. A seguito di ciò il Comune fa redigere vari progetti per il restauro e la rifunzionalizzazione a Municipio di Villa Banfi, che saranno attuati durante gli anni '80. Dal 2007, dopo più di 20 anni di uso come sede comunale, la Villa non è più utilizzata, dal momento che dal 2009 sono stati previsti degli interventi di manutenzione straordinaria che però non sono mai stati portati a termine. Villa Banfi oggi si presenta in buona salute per quanto riguarda le strutture principali, mentre le finiture e altre strutture secondarie sono a rischio.