Basilica paleocristiana di Sotto San Giovanni Sorge alle falde della collina di Rometta e fa parte del più vasto complesso ipogeo che si snoda per tutta l'area circostante. Individuata da Paolo Orsi come struttura basilicale paleocristiana fu a fondo rilevata ed analizzata dall'archeologo Giacomo Scibona che ne mise in evidenza la sua originaria destinazione a luogo dove poter svolgere le funzioni liturgiche oltre che di riunione e di preghiera. Di forma rettangolare, l'ipogeo sacro possedeva dodici pilastri di forma rettangolare, ricavati durante l'escavazione, ripartiti in sei ordini che dividevano lo spazio interno in sette piccole navate. La navata centrale finiva con un ambiente absidale dove era riposto, in origine, l'altare. Dei pilastri ne restano integri solo quattro, mentre dei restanti si possono vedere solo i tronconi che pendono dalla volta. Da piccole tracce di affreschi posti nell'abside e sparse un po' dovunque, hanno fatto supporre che la cripta doveva essere interamente ricoperta d'affreschi. Studi recenti fanno ipotizzare che la basilica fu adoperata come moschea dalla popolazione musulmana dal 965 d.C. in avanti. Tutta l'area, visitabile da un percorso pedonale di recente valorizzato anche con impianto di illuminazione artificiale, riveste un interesse naturalistico e geologico. Infatti, lungo tutto il tratto del complesso ipogeo, nella parete rocciosa, si possono ammirare bellissimi esempi di stratificazione con laminazione incrociata intervallati da depositi fossiliferi a lamellibranchi e molluschi. In alcuni punti è possibile vedere diversi livelli argillitici lungo i quali avvengono fenomeni di solubilizzazione e trasporto di carbonati che danno origine a dei particolare strati (veli penduli), in taluni casi lunghi oltre cinque metri.