Sul principio del secolo XVII, la chiesa appare al cardinale Federico Borromeo in visita nel 1602 alquanto disadorna, pertanto Federico ordina imponenti lavori di restauro e di decorazione degli interni, terminati i quali, il 10 marzo 1608, la chiesa viene eretta a collegiata e dotata di un’ampia canonica. Le pareti della cappella maggiore sono impreziosite da pitture, l'altare rialzato rispetto al livello pavimentale perchè diventi fulcro visivo di devozione. Sempre dell’età barocca è la cella campanaria costruita sull’antico campanile romanico per volontà dell’arciprete Carlo Litta nel 1662. Al lato sinistro della facciata è addossato l’edificio della canonica (1612), voluto dal cardinale Federico Borromeo. All'interno sono conservate sei tele del “ciclo della vita e dei misteri della Vergine Maria” dipinte da Pier Francesco Mazzucchelli detto il Morazzone (documentate nella chiesa nel 1619).