Eretta nel sito dove, al tempo del dominio pisano, sorgeva il Palazzo dei Donoratico, la chiesa è intitolata alla Immacolata Concezione anche se è nota come “Chiesa del Collegio” in ricordo dell’appartenenza ai Gesuiti.
La costruzione iniziò a partire dal 1580 ma l’edificio venne solennemente consacrato il 26 Maggio del 1728 in occasione della visita pastorale dell’arcivescovo di Cagliari Monsignor Falletti. Nel 1774, quando l’ordine venne soppresso, la chiesa passò alla diretta giurisdizione del vescovo e fu affidata al clero diocesano. Nel 1808 il re Vittorio Emanuele I donò l’antica casa religiosa dei Gesuiti al vescovo che vi installò il seminario diocesano. Questo evento fece sì che la chiesa venisse comunemente chiamata “del Collegio”. L’ex collegio, diventato poi seminario vescovile nel 1774 fu successivamente adibito a scuola pubblica. È attualmente in corso il recupero dell’antica unità architettonica finalizzato alla realizzazione di un museo diocesano.