Fulcro della chiesa è l'altare di sinistra con il polittico attribuito ad un discepolo di Leonardo, forse Marco da Oggiono e la decorazione che lo circonda. Nel presbiterio coro ligneo del 1710, balaustra anche lignea sempre del settecento con marmi policromi. Sul fondo della chiesa si trova un pozzo, per il quale recentemente è stata posta una pompa per ricavarne l'acqua. Sul lato destro dell'edificio vi è un corridoio, forse il residuo del chiostro degli Agostiniani.