L'abitato iniziava a prendere forma nei primi decenni del XVI secolo e contemporaneamente la sua popolazione decideva di denominarla Bernauda, per gratitudine nei confronti del loro feudatario Bernardino De Bernaudo. Così pur esistendo la vecchia Cappella di S. Donato, si rendeva necessario costruire una Chiesa che fosse più vicina e ampia, edificandola così nel grande largo antistante il Castello disposta a margine del promontorio, prospiciente la valle del fiume Basento. Nel 1530, secondo quanto affermato dal clero locale nel 1726, il duca Bernardino De Bernaudo con solerzia del suo popolo edificava la Chiesa Madrice, che decisero di intitolare a San Bernardino da Siena, adottato anche come protettore del paese al posto del precedente S. Donato. La fatiscienza della Chiesa e le sue modeste dimensioni, avevano costretto il clero ad intraprendere continue opere di trasformazione. La maggior parte degli interventi sono stati realizzati nel XIX secolo apportando alla Chiesa una serie di aggiunte e superfetazioni. La chiesa è a due navate una centrale, a cui si accede da una porta maggiore e, quella laterale che ha un altro ingresso secondario; sopra la porta maggiore c'è una finestra circolare a ricordo del tradizionale rosone romanico. Il soffitto era un tetto a due falde di legno, mentre sul coro, ad oriente, il tetto era "lammiato". In totale la chiesa contava sette cappelle e otto altari, sul lato orientale vi erano le cappelle con i rispettivi altari, ad occidente i cappelloni del Santissimo Rosario e del Purgatorio in linea con il campanile, che impediva la formazione di una terza navata.