Nel 1543 il Duca Guidubaldo II Della Rovere e Vittoria Farnese posero con grande solennità la prima pietra della nuova chiesa di San Giovanni Battista nella attuale via Passeri. La costruzione del complesso avvenne ove erano le case di certi Pianosi, situate sulla pubblica via da due lati e sulla Piazza (o Prato) di Borgo Nuovo, case acquistate per questo scopo dal Duca e dalla Comunità per 1430 scudi. La nuova chiesa fu progettata nel 1537 ed iniziata sei anni dopo da Girolamo Genga (1476-1551), ma condotta a termine dal figlio di questi, Bartolomeo, soltanto all'interno. Giorgio Vasari, nonostante la facciata fosse incompiuta, le attribuì il titolo di “bel S. Giovanni” e la considerò la più bella di tutte le chiese esistenti nelle terre circostanti. La chiesa, l'annesso convento e il non molto lontano palazzo costruito dai Montani sulla stessa via e poi passato ai Santinelli-Antaldi e rifatto nel XVII secolo, determinarono la vita di quella via che, per l’imponenza delle nuove costruzioni, assunse la denominazione di "Via San Giovanni". Il tempio, che ha una sola navata a croce latina con cupola ottagonale e nove altari, è opera d’arte grandiosa ed insigne; elegante è la facciata anche se incompleta ed interessanti sono i dipinti ivi custoditi, tra cui la Natività attribuita alla scuola del Barocci, la cappella delle Stimmate di S. Francesco con gli stucchi del bolognese Giuseppe Mazza e il sepolcro neoclassico di Giulio Perticari. Chiesa e convento, con cortile e chiostro, furono indemaniati nel 1860 e destinati ad uso militare; anche la chiesa nel 1915, in occasione della prima guerra mondiale divenne deposito di materiale bellico, ma poco alla volta i religiosi riuscirono a ottenerne la cessione dall’autorità civile e, dopo averla riassettata, riaprirla al culto nel 1926. Attualmente la chiesa è officiata dai Frati Minori Francescani. A causa danni del terremoto, in attesa di restauro, si accede dal chiostro del convento.