L'origine. Le cronache ci tramandano che il fondatore della chiesa fosse il "maestro di grammatica" Antonio tatti, canonico della collegiata di San Vittore, che aveva per s. Lorenzo una particolare devozione. Divenuto infermo e non essendo più in grado di raggiungere il piccolo Oratorio dedicato al Santo che era solito frequentare, pensò di trasformare in una chiesa alcune case adiacenti alla sua, poste di fianco alla basilica, appartenenti al Capitolo. Offrì in cambio alcuni beni ed ottenne la proprietà e il benestare per la costruzione che iniziò ma, però, non vide concludersi. Un miracolo. Il giorno di San Lorenzo del 1466 alcuni devoti che pregavano davanti ad un'effige della Madonna con Bambino videro scendere dal viso della medesima sudori e lacrime. Si gridò subito al miracolo, accorse gente che in breve divenne folla, s'innalzarono preghiere, si accendevano ceri votivi. La voce di alcuni miracoli attirò anche nei giorni successivi una grande folla di fedeli. Un certo Filippo Visconti, venuto a Varese da Cornaredo, fu guarito all'occhio sinistro, ed altri ancora furono le guarigioni. Il 1° dicembre 1467 Bianca Maria e Galeazzo Visconti, duchi di Milano, approvarono l'erezione della confraternita e le concedevano gli stessi privilegi della scuola della Misericordia e delle Quattro Marie di Milano. Le elargizioni che seguirono permisero una migliore sistemazione della chiesa che, per la vicinanza, fu considerata sussidiaria alla basilica e difatti vi officiavano i canonici nel periodo in cui si riallestì San Vittore e vi ospitò più volte il simulacro dell'Addolorata. Nel XVI secolo di insegnava la Dottrina Cristiana e si celebravano del Quarantore. Come era la chiesa. Una planimetria del tempo, conservata nell'archivio Prepositurale, ci mostra, anche se piuttosto sommariamente, come si presentava l'edificio nel Cinquecento. Una sola navata di forma rettangolare, robuste mura, un presbiterio pressoché quadrato. Secondo il verbale della visita fatta da monsignor Seneca, la chiesa aveva tre altari. Il maggiore era ornato con una pala d'altare: Cristo in croce, la Vergine, Giovanni e alcuni Angeli. In alto la Pietà, mentre ai lati i santi Ambrogio, Lorenzo, Vittore e Galdino, su fondo aureo. La chiesa aveva quattro porte aperte nelle pareti laterali perché era priva di facciata in quanto era appoggiata alla casa Griffi. Il soffitto era voltato. Nel Seicento fu collocato nella nicchia a sinistra dell'altare un Calvario «cum quatuor lignum simulacris» già tenuti, con l'Addolorata, nel coro della Basilica. Era di grande effetto e subito attirava l'attenzione di chi entrava in chiesa. Presso questa cappella si allestiva uno dei sepolcri da visitarsi il Venerdì Santo e le cronache tramandano con quanta devozione lo facessero i varesini. L'esterno della chiesa fu in un primo tempo abbellito da motivi decorativi quattrocenteschi di cotto che furono ricoperti d'intonaco in uno dei diversi rifacimenti dell'edificio. Sconsacrata a inizio XIX secolo, fu in parte demolita nel 1819 per costruire le scuole pubbliche maschili. A fine Ottocento venne trasformato in abitazione privata. Dell'antica chiesa oggi non rimane che la parte absidale, gli archetti decorativi in cotto quattrocenteschi dell'edificio originario ed un fregio fatto negli ampliamenti successivi, con mattoni messi a sghembo.