La chiesetta dedicata a Santo Stefano è il più antico luogo di culto di San Vittore Olona: compare infatti nell'elenco delle Chiese e degli altari della diocesi di Milano compilato dal monaco Goffredo da Bussero sul finire del XIII secolo. Conserva al suo interno tre cicli di affreschi. Il primo ciclo, datato al 1487, viene attribuito a Gian Giacomo Lampugnani e riguarda una Natività, una Deposizione e San Rocco. Il secondo ciclo è stato eseguito nel 1577 da un artista lombardo probabilmente formatosi su modelli luineschi e raffigura il martirio di Santo Stefano. Il terzo ciclo di affreschi, invece, è settecentesco e vede raffigurati San Barnaba, San Francesco d’Assisi e San Francesco Xavier (entrambi predicatori evangelici) e, al centro, Gesù Crocifisso che poggia su ossa umane: queste ultime fanno pensare che la chiesetta fosse anche un luogo di sepoltura. Due formelle in facciata recano la data 1564, presumibile anno di un restauro.