La chiesa rupestre Grotta di San Michele è ubicata ad 1 km dalla sponda meridionale del lago di Varano e a circa 3 km a nord-ovest di Cagnano Varano (FG). Il sito, abitato fin dal paleolitico, rappresenta una importantissima testimonianza del culto micaelico sul Gargano. All'interno della grotta, dal grande fascino naturalistico e spirituale, trovano posto affreschi e graffiti a soggetto devozionale, risalenti ai secoli centrali del Medioevo. Nel cuore del sacro speco è ancora visibile lo stillicidio delle acque, tipico del culto micaelico orientale.