L'abbazia costituisce il primo insediamento cistercense in Abruzzo, fondata nel 1191 nella diocesi di Penne dalla contessa Margherita di Loreto Aprutino come filiazione dell'abbazia delle Tre Fontane di Roma. Per volontà dei Papi Innocenzo III, Onorio III, Gregorio IX e Alessandro IV, l'influenza dell'abbazia si estese anche fuori dell'Abruzzo attraverso le filiazioni dell'abbazia di Ripalta presso San Severo nel 1201, San Pastore presso Greccio, in provincia di Rieti nel 1218, Santo Spirito d'Ocre nel 1248, Santa Maria delle Tremiti nel 1237 e San Bartolomeo a Carpineto della Nora nel 1258. Nel secolo successivo, però, l'abazia iniziò un lento declino passando dai cinquecento monaci del XIII secolo ai nove del XVII. Attorno al 1330 l'abbazia era stata assegnata in commenda al vescovo di Viterbo, mentre nel 1586 venne data in commenda a Federico Borromeo il quale trasferì alla Biblioteca Ambrosiana i preziosi codici miniati dall'abate Erimondo. L'abbazia venne abbandonata nel 1807 a seguito della soppressione degli ordini religiosi da parte di Giuseppe Bonaparte. Quindici anni fa è stata restaurata la torre dell'abbazia e successivamente la sala del Capitolo, ancora fruibili. Attualmente la chiesa e gli altri corpi di fabbrica versano in condizioni di abbandono e di degrado sia per carenza di finanziamenti sia per le concause dei terremoti che hanno colpito l'Abruzzo nel 2009 e nel 2016.