La chiesa di San Francesco a Pisa è un monumento duecentesco di straordinaria bellezza, un gioiello dell'architettura italiana del XIII secolo. Nel convento, nel 1263, durante il Capitolo di Pisa, fu approvata da San Bonaventura la Legenda Maior, la biografia di San Francesco d'Assisi.
La chiesa, così importante da avere dato il nome ad uno dei quattro quartieri del centro storico, è inoltre per grandezza la seconda di Pisa dopo la cattedrale. Il suo maestoso interno ad una navata con transetto a sala e sette cappelle terminali, rischiarato da magnifiche vetrate monumentali, fu iniziato nel 1261 sotto la Guida di Giovanni di Simone, lo stesso architetto ed ingegnere a cui, secondo gli studi più recenti, fu affidato il completamento, dopo cento anni di interruzione, della celebre Torre Pendente. La chiesa dunque si contraddistingue per le sue dimensioni imponenti, per le proporzioni perfette che la rendono esempio raro di edificio proto- rinascimentale, per il campanile pensile - capolavoro assoluto di ingegneria medioevale - e per il fatto di costituire un esempio paradigmatico dello stile architettonico francescano. Negli Statuta del 1260, (anno prima della costruzione della chiesa), infatti, San Bonaventura indicava le caratteristiche architettoniche da rispettare per la costruzione delle chiese francescane.
La decorazione dell'interno della chiesa fu affidata ai migliori pittori italiani dei secoli XIII e XIV. Tra questi Giunta Pisano, Cimabue e Giotto le cui pale d'altare sono oggi conservate al Louvre, Taddeo Gaddi, Jacopo di Mino del Pellicciaio, Taddeo di Bartolo, Niccolò di Pietro Gerini, i cui resti degli affreschi sono ancora visibili oggi.