La chiesa di S.Francesco è uno splendido esempio di stile neoclassico, si trova nel centro storico di Fossombrone ed è per estensione la terza chiesa cittadina (dopo il Duomo e S.Agostino) nonostante non abbia mai avuto la considerazione che meritava nella nostra città, tanto che da 30 anni non viene officiata neanche per la ricorrenza di S.Francesco e molti fossombronesi nemmeno sanno come si chiama. La chiesa che oggi tutti vediamo è la terza chiesa francescana sorta nella nostra città: la prima chiesa,con annesso convento, sorgeva nella Cittadella e fu abbattuta nel 1388 per far posto alla fabbrica della Rocca, mentre la seconda chiesa, anch'essa annessa ad un convento, era posizionata più ad est della Cittadella rispetto alla precedente, poi il violento terremoto del 1781 rese inagibile l'intero complesso francescano.Per questo, nonostante fosse possibile salvarlo e restaurarlo, i padri francescani in modo scellerato preferirono abbatterlo per poi costruire l'attuale chiesa, con annesso convento, in via Umberto I che fu edificata a partire dalla fine del sec.XVIII, ma mentre il convento fu terminato nello stesso secolo, la chiesa si completò solo nel 1840, sulle rovine della precedente chiesa camaldolese dedicata a S.Francesca Romana (anch'essa demolita dopo il sisma del 1781) della quale rimane sopra la porta d'ingresso il bassorilievo del sec. XV nella lunetta del portale che rappresenta: "Madonna con Bambino tra SS.Francesco e Bernardino da Siena". L'interno ha belle colonne e decorazioni di gusto neoclassico ed un bellissimo soffitto anch'esso neoclassico. Nella parete destra custodisce una tela d'ignoto mentre l'altare maggiore è impreziosito dalla pala d'altare:"Gesù Crocifisso tra S.Francesco e S.Girolamo" del sec.XVI attribuita al bolognese Giovan Battista Vernizzi, e da un organo ottocentesco. Le due statue settecentesche di S.Francesca Romana e di S.Romualdo in controfacciata, sono state realizzate dal Vernet. Nel 1861 l'attiguo convento dei frati Francescani che officiavano la chiesa venne soppresso e trasformato in Biblioteca e Scuola Media (mentre oggi è sede INPS e Centro per l'Impiego).Nello stesso anno qualcuno ebbe la scellerata idea di trasformare la chiesa in palestra, poi per fortuna prevalse il buon senso e la chiesa continuò ad essere officiata tutti i giorni fino all'estate del 1988 quando l'ultimo frate francescano rimasto fu trasferito (contro la sua volontà) nel Santuario di Loreto. Nell'ottobre dello stesso anno fu deciso, con disaccordo di molti fossombronesi, di officiarla solo una volta l'anno per la ricorrenza dell'Immacolata Concezione, così fino l'anno 2006, dopo di che non fu più officiata e fino al 2010, grazie a volontari, restò aperta tutti i giorni solo per essere visitata. Fu restaurata dopo i bombardamenti del 1944 e nel 1996 fu rifatto il tetto esterno. Il 30 ottobre 2016 una forte scossa sismica di magnitudo 6.5 con epicentro a Norcia allargò le lesioni già presenti da diversi anni all'interno e la rese inagibile, poi nell'estate del 2018 si verificò il crollo del soffitto interno centrale. Nel 2021 il FEC, proprietario dell'edificio, ha iniziato il restauro del soffitto che purtroppo si è interrotto pochi mesi dopo per carenza di finanziamenti.