La costruzione della chiesa e del convento dei Francescani Neri risale ai primi decenni del Cinquecento; nel 1531 si svolse nel convento il Capitolo dei Francescani Neri, come riportato in una iscrizione.
L'edificio sacro fu rinnovato nel Settecento secondo il gusto barocco dell'epoca. Sul muro a sinistra della facciata è presente un altorilievo in pietra leccese raffigurante probabilmente un componente dei Protonobilissimo che contribuì all'edificazione della chiesa.
Dopo la soppressione degli ordini religiosi, il convento subì numerose trasformazioni e fu adibito nel 1885 ad educandato femminile dalle Figlie della Carita' e nel 1945 trasformato in orfanotrofio. Fu definitivamente chiuso nel 1980
La Chiesa e l' annesso Convento dei Francescani Neri hanno una data certa, il 1531, quando si svolse nel convento il Capitolo dei Francescani Neri, come riportato in una iscrizione.
Del 1532 è la costruzione della cappella di S. Caterina Martire, splendidamente affrescata con scene della vita di S. Caterina e del suo martirio. La cripta, scavata nella roccia è sorretta da 36 colonnine su quattro linee e porta sulle pareti tracce di affreschi di S. Cosimo, S. Damiano, il martirio di S. Agata.