Sembra che le origini dell'abbazia risalgano all'alto Medio Evo: ne sarebbero prova alcuni marmi scolpiti e reimpiegati nell' attuale edificio sacro, il pluteo posto nella cripta , le colonne della cripta e quelle della navata centrale, la piccola abside di destra della cripta (che fa supporre la presenza di un tempietto paleocristiano costruito verso l'anno 763 e probabilmente distrutto dal terremoto del 1117). Le prime notizie documentate sull' abbazia risalgono agli inizi del secolo XII: infatti l'attuale costruzione romanica venne compiuta nel 1131, sotto l' abate Uberto dei Conti di San Bonifacio. Nel 1168, con una bolla di Alessandro III, furono definiti i confini e si fissarono i diritti fra l'abbazia e la parrocchia di San Bonifacio. Il suo successore, Lucio III, prese sotto la protezione apostolica il monastero, tutelandone i diritti e l'integrità dei beni presenti e futuri (1185). Otto anni dopo Enrico VI, con un diploma imperiale, concesse all' abate Riprando e ai suoi successori parecchi nuovi possessi e la giurisdizione civile sopra di essi. Nel secolo XIII, banditi i Conti dal castello di San Bonifacio che si erano dimostrati provvidi benefattori e protettori, l' abbazia andò incontro ad un periodo di decadenza e subì devastazioni, saccheggi, rovine d'ogni sorte sotto le signorie degli Ezzelini e degli Scaligeri. Nel 1315 l'abate Sperandio fu eletto Vescovo di Vicenza e poco più tardi, nel 1331, un altro abate (Nicola) divenne il centesimo Vescovo di Verona. Verso il 1400 l'abate Guglielmo da Modena compì un' opera davvero encomiabile, restaurando il campanile, le mura e gli edifici annessi, trovati in condizioni disastrose. Riportò così il complesso allo splendore originario. Nella prima metà del secolo XV divenne un'abbazia commendataria di collazione pontificia, cioè data in amministrazione ad altissimi prelati. La commenda fu poi restituita da Torquato Bembo nelle mani di Pio IV, il quale affidò l'abbazia alla congregazione del Monte Oliveto: così ai primitivi benedettini neri subentrarono quelli bianchi, gli Olivetani appunto (1562). Il 12 settembre 1771, su decreto del Senato Veneto, fu soppresso il monastero con tutti i suoi vasti beni; da allora Villanova divenne una parrocchia, alle dipendenze della diocesi di Vicenza. Il 23 aprile 1949, per mezzo di un decreto concistoriale, il S. Padre Pio XII ripristinò alla insigne e antichissima chiesa di San Pietro Apostolo il titolo di abbazia, ed al suo parroco pro tempore concesse il titolo di Abate-Parroco, col privilegio di portare l'anello. Da quando è stato detto appare chiaro come l'abbazia, anzi tutto il complesso, sia stato oggetto di successivi restauri e manomissioni da parte dei vari abati nel corso dei secoli. Riassumendo, gli interventi sono così delineabili: Attorno al 1400 l' abate Guglielmo da Modena faceva costruire la cuspide e la cella campanaria, sostituiva la bifora della facciata dell' abbazia con il rosone, inseriva l' attuale portale al posto del precedente, che aveva probabilmente il protiro pensile. Tra il 1500-1600, con l' avvento della congregazione Olivetana, si inserivano gli attuali altari, si aprivano le finestre sulla facciata in corrispondenza delle tre navate, si collocavano gli otto angeli lungo la navata principale, si nascondevano le capriate in legno con la realizzazione di volte a vela, si costruiva lo scalone conducente al presbiterio.